MOOC Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux

About the course

Ce MOOC a pour objectif de donner aux chercheurs, professionnels de la recherche en santé et sciences du vivant et futurs chercheurs français et francophones les éléments nécessaires pour s’adapter à l’évolution des pratiques de recherche en santé (de la gestion à la communication et à la diffusion de ressources scientifiques) et leur permettre de prendre en main les outils numériques associés. Il permettra en outre de saisir certains nouveaux enjeux technologiques, sociaux, juridiques, éthiques tels que le libre accès à la publication scientifique, le partage de données scientifiques ainsi que les changements de méthodologies que le numérique peut introduire dans les pratiques de recherche (data driven research, recherche participative).

Aussi, chaque séance fera appel à une diversité d’experts (chercheurs, ingénieurs de recherche, bibliothécaires, médecins, juristes etc.) pour apporter un éclairage sur les enjeux de ces nouveaux usages. Des screencasts proposeront des retours d’expérience de chercheurs et permettront de découvrir ainsi un ensemble d’outils numériques open source utilisés en recherche (logiciel R, Zotero, Github, Python).
Les échanges entre participants et intervenants de ce MOOC et les réflexions générées dans ce cadre constitueront une source importante, une matière vive, qui viendra nourrir la pratique. Il sera aussi question pour chaque participant de se questionner sur ses propres pratiques et de construire au fil du MOOC des objectifs concrets pour les faire évoluer.

Course team

Célya Gruson-Daniel est ingénieure de recherche responsable des technologies de l’information et de la communication au sein du Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin.

Elle coordonne et pilote l’activité de production des MOOCs (Massive Open Online Courses) et contribue à l’animation de l’activité de recherche en Open Science et Big Data.
Diplômée de l’ENS et de l’UPMC en neurosciences cognitives et comportementales, Célya Gruson-Daniel s’intéresse aux transformations de la recherche et de l’éducation supérieure, notamment via les mouvements de l’Open Science et de l’Open Education.
Elle a cofondé en janvier 2013 la communauté HackYourPhD.
Dans le cadre de son doctorat en Information et Communication (École Doctorale Frontières de l’Apprentissage du Centre de Recherche Interdisciplinaire (CRI)), elle consacre sa recherche au mouvement de l’Open Science.

Liane Huttner est étudiante en Master de droit. Diplômée de l’université Panthéon-Assas en droit et de l’université Pierre et Marie Curie en biologie, elle s’intéresse à tous les liens qui relient science et biologie. Elle est stagiaire au centre Virchow-Villermé et participe à la coordination du MOOCSciNum et plus particulièrement aux éclairages apportés sur les questions juridiques.

Format

Quizz : chaque interview et screencast donnera lieu à un quizz de deux questions par vidéo.

Exercices pratiques : ils seront réalisés tout au long du MOOC mais notés à la fin, quand ils seront présentés dans l’exercice final. Ils mettront en œuvre les compétences pratiques acquises lors de chaque séance (création d’un compte zotero, github, d’un blog scientitique etc.). Le forum de discussion permettra aux participants de faire part de leurs difficultés éventuelles et de s’entraider.

Évaluation mi-parcours : il sera demandé aux participants de rédiger un texte offrant une réflexion critique sur les transformations majeures et les enjeux soulevés par le numérique dans leur domaine de recherche en s’appuyant sur des exemples concrets. Le texte sera évalué par les pairs et repris dans l’exercice final en prenant en considération les commentaires des pairs et les connaissances acquises dans les séances suivant l’exercice. Les questions « débat » proposées à chaque séance pourront nourrir cette réflexion.

Exercice final : Cet exercice final sera un exercice de synthèse des acquis et réflexions menées par les participants tout au long du MOOC sur leur propre pratique de recherche et les transformations qu’entrainent le numérique. A la fin du MOOC, dans ce document, les participants partageront :
– les résultats des exercices pratiques réalisés au cours du MOOC qui seront donnés sous forme de lien hypertexte
– une synthèse des réflexions menées autour de leur propre recherche qui reprendra le premier texte évalué à mi-parcours auquel le participant aura donné une plus grande profondeur d’analyse.
– une réalisation propre (vidéo sur des outils, comparaison d’outils numériques déjà présentés, ajout de ressources) du participant qui pourra amener ainsi sa propre pierre à l’édifice du MOOC. L’objectif étant que le MOOC s’enrichisse de session en session

Une note supérieure ou égale à 50 % pour l’ensemble des activités amènera à la délivrance d’une attestation de suivi. La répartition de l’évaluation pour chaque activité se fera selon le tableau suivant

 

Quiz 20,00%
Exercice pratique 20,00%
Évaluation mi-parcours 20,00%
Exercice final 40,00%

Course plan

Séance 0 : Recherche à l’ère du numérique : quelles transformations ? (séance d’introduction)

[Interview] Numérique et Recherche
[Screencast] Présentation du MOOC

Séance 1 : S’appuyer sur des ressources scientifiques existantes

[Interview] Bibliothèque et numérique : quels défis et quels rôles à jouer ?
[Screencast] Savoir gérer sa bibliographie seul ou en groupe avec Zotero

Séance 2 : Collecter/produire des données scientifiques

[Interview] Numérique et collecte de données en santé
[Screencast] Daydream : un exemple de collecte de données en ligne

Séance 3 : Traiter/analyser des données scientifiques

[Interview] Données et numérique : quelles “réelles” transformations ?
[Screencast 1] Recherche en neurogénétique : exemple d’utilisation de Python et de Github
[Screencast 2] Analyse de données en épidémiologie avec R

Séance 4 : Archiver/partager des données scientifiques : données de santé, données sensibles

[Interview 1] Des données partagées aux données ouvertes en recherche
[Interview 2] Données de santé, données sensibles : quels droits ? Quelles protections ? [Screencast] Partage de données médicales anonymisées

Séance 5 : Partager ses résultats scientifiques : écrire et publier

[Interview 1] Publier sa recherche à l’ère du numérique : Open Access
[Interview 2] Droit d’auteur et licences creative commons : quelques précisions utiles avant de publier
[Screencast 1] Déposer un article dans HAL

Séance 6 : Faire partie d’une communauté scientifique

[Interview] Evaluer, être évalué : retour sur la “machinerie” de l’évaluation et ses évolutions
[Screencast 1] Faire connaître ses activités de recherche : comparaison de Zenodo et Figshare
[Screencast 2] Communiquer sur ses recherches : présence “en ligne”.

Séance 7 : Nouvelles formes d’interaction en recherche et enjeux éthiques

[Interview 1] Ouvrir le processus de recherche : des sciences citoyennes à la recherche participative
[Interview 2] Ethique de la recherche à l’ère du numérique
[Screencast 1] Présentation d’un projet de sciences citoyenne avec le Citizen Cyberlab : [Screencast 2] Blogs scientifiques

Utilisation de base de logiciels de bureautique ;
Connaissance de base de la démarche de recherche scientifique en santé et sciences du vivant (niveau licence préférable) ;

  • Etudiants
  • Professionnels
  • Santé publique
  • Sciences de l’environnement
  • Sciences de l’organisation de l’espace urbain
  • Question interdisciplinaire des impacts sanitaires du changement climatique

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